Los costos de facturación, gestión, almacenamiento, así como el ahorro en tiempo y reducción en el proceso de pago son los beneficios para las empresas al implementar la factura electrónica. Emitir facturas tiene un costo por unidad de $14.394 cuando es en papel y de $5.305 en formato electrónico.

Gracias a la factura electrónica se presenta un ahorro en costos de facturación. Comparado con la factura tradicional, la electrónica permite un ahorro estimado del 67 %, ya que se reducen los costos en la manipulación de papel, el recuerdo de los pagos, la gestión de la tesorería, el archivo de los documentos, etc.

También se presenta un ahorro en los costos de gestión o costos por factura. Desde el punto de vista de Seres, la emisión de facturas tiene un costo por unidad de $14.394 cuando se realiza en papel y de $5.305 cuando se utiliza el formato electrónico. La diferencia es aún mayor cuando se trata de la recepción de facturas, que pasa de los $23.355 en papel a $7.343 en formato electrónico.

De igual forma, se presenta un ahorro en costos de almacenamiento, ya que dejar de lado el papel para comenzar a facturar electrónicamente es sinónimo de liberar cajones, archivadores; un gran espacio. Al reducirlo, se puede llegar a alcanzar un ahorro del 81 %. Así, con la facturación electrónica se acortan los tiempos de entrega de las facturas y se reduce todo el proceso de pago entre empresas o entre usuarios y empresas.